Старинное село Чёлмужи расположено на восточном берегу Повенецкого залива Онежского озера, в Заонежье. Церковь Богоявления, которая уже более четырех столетий возвышается на берегу, пережила пять строительных периодов.

В 1577 году был построен клетский храм, на что указывает дата на деревянном кресте, расположенном в храме. В дальнейшем, на судьбу церкви повлияли события, связанные с царской династией Романовых. По преданию, в 1605 году церковь была перестроена на пожертвования княгини Ксении Ивановны Романовой при освобождении из заточения.

В конце XVIII века постройку реконструировали: надстроили трапезную, над сенями поставили шатровую колокольню-звонницу, растесали оконные и дверные проемы. Вход перенесли с западного торца на северную сторону сеней, а на месте прежнего крыльца сделали галерейку. Тогда же в трапезной, отапливаемой печами, был устроен второй придел. После этого в церкви долгое время не проводилось серьезных ремонтных работ. Лишь в 1844 году ее сруб был обшит тесом.

В начале ХХ века, были выполнены ремонтные и реставрационные работы. Во время войны шатер и колокольня были разобраны. Восстановлены в 1950-х годах.

Богоявленская церковь является одной из старейших церквей Заонежья и представляет собой переходный тип культовых зданий от клетских к шатровым.